El Distrito de Mi Perú nace el 6 de octubre de 1985, cuando el Gobierno Central implementa un programa de reubicación a las 22 familias que habían invadido el ex fundo Bocanegra y de la Huaca Garagay y el lugar fue determinado por una Comisión integrada por dirigentes y representantes del Pueblo con representantes del Gobierno. De esa forma, las 22 familias reubicadas empiezan una nueva vida en Mi
Perú y se van asentando en este, en un principio llamado por los primeros pobladores como "La Conquista del Desierto", ya que Mi Perú era una zona desértica. Se fue poblando paulatinamente, con una demarcación básica de lotes y manzanas realizada por ENACE y la cesión de estos lotes se realizó a través de sorteo, sector por sector; los primeros fueron los sectores A, B, C, D y E, posteriormente a fines de Octubre se sortearon los sectores F, G, I, J y en los meses de Enero y Febrero se sorteó el Sector H; más adelante se han sorteado los sectores K y posteriormente los sectores M y N. Tras el asentamiento de las familias, se fueron creando e instalando la Posta Médica, la Iglesia, los Colegios Manuel Seoane Corrales y Fe y Alegría, los clubes de madres, vasos de leche. Los servicios básicos se van obteniendo en forma progresiva, es así que el año 1993 se inaugura la electrificación y la instalación de los servicios de agua y desagüe posteriormente. El 6 de octubre de 1994 Mi Perú es elevado a la categoría de Centro Poblado Menor denominada como "Nuestra Señora de la Mercedes, Mi Perú", en homenaje a la santa patrona de la ciudad. En consecuencia de este acontecimiento y de acuerdo a Ley le correspondía la creación de su propia municipalidad, aunque con facultades limitadas por su propio carácter de Centro Poblado. El 1 de enero de 1995, el señor Carlos Chacaltana Muchaypiña es elegido como el primer Alcalde de "Mi Perú"; sin embargo, debido a los cuestionamientos de su gestión se convoca a consulta popular para elegir nuevas autoridades. Reynaldo Encalada Tovar quien entra en funciones el 19 de enero 1998. Luego sería elevado a la categoría de Centro Poblado y finalmente después de diez años de deseo se convierte en uno de los distritos del Callao, el 17 de Mayo del 2014 con la promulgación de la ley N° 30197.
